Раз с composer вам объяснили выше, то облегчу ваш список:
1) Переход полностью прозрачный, главное побольше современных проектов отсматривать.
2) Лучше вычитывайте
RFC, играть надо с проектами и демками.
3) Не вместо!!! Про arrays имелся ввиду короткий синтаксис: []
4) В догонку
откажитесь от mcrypt и пользуйтесь встроенными решениями для паролей:
php.net/manual/ru/book.password.php
5-6) Рекомендую посмотреть на
git flow, мне очень нравится для повседневного использования
8-10) Осторожно с выбором инструментов. На мой вкус: netbeans+redmine(с кучей плагинов)+jenkins+bash, но это всё требует долгой и тонкой интеграции в рабочий процесс.
11-12) Вроде бы вы сами всё освоили...
13-14) По БД лучше иметь основательные теоретические знания, чем опыт работы с конкретными реализациями. Но postgresql использовать как дефолтную рекомендую))