Интересная тема.
Может быть, какие-то показатели накручивают, например, переходы из поисковиков? Может, в этих ИЕ установлены тулбары и накручивают цифры в них? Может, проверяют ваш сайт на нагрузку?
Поймать бота можно попробовать сделав невидимую (через CSS) ссылку за краем экрана. Человек по ней не кликнет, а бот, перебирающий HTML-код или анализирующий дерево DOM, попадется. Можно попробовать слушать событие mousemove — живой человек двигает мышкой, в отличие от бота.
Также, может стоит померять расположение окна на экране у этих ботов? (наример, как описано тут:
stackoverflow.com/a/504097 ). Ведь если это реальный ИЕ, управляемый вирусом, то скорее всего окно задвинуто за край экрана, чтобы не мешать пользователю.