Гарантии такие, что вы в случае чего пожалуетесь, после нескольких жалоб платежная система прикроет магазин или его процессинг.
Использовать для снятия может, например iTunes Store автоматически продлевает подписки (присылают письмо об этом заранее). Буржуйские порносайты известны своим автопродлением подписок.
Наверное можно запретить Card Not Present (CNP) операции по карте, но не надейтесь потом забронировать гостиницу или взять машину напрокат по этой карте. Магазины вроде iTunes Store тоже наверняка работать вообще не будут.
Троян увести карточку конечно может. Вся надежда на 3ds и благоразумие пользователя.
Чаще уводят базы карточек из магазинов или целых процессинговых центров (привет, chronopay!), но и это к счастью происходит не часто, к тому же эффективно использовать базу будет сложно, особенно если карточки с 3ds.