Кир aka Dober

Все просто, это же не P2P сервис. Каждое устройство MIUI с включенной соответствующей службой регистрируется на сервере. При отправке сообщения, служба на телефоне-отправителе делает запрос на сервер "номер такой-то on-line?" Если да - отдает сообщение серверу, если нет - отправляет через СМС.

Да, конечно. Наиболее простой вариант - создать на оставшемся свободном месте раздел (например, через gparted), отформатировать его в ext4 и монтировать куда-то после загрузки. Куда монтировать - зависит от типового использования. Если не получается обновиться (хотя это временная ситуация и должна быть исправлена) - можете перенести туда /var
Примерная последовательность:
Смотировали новый раздел в /tmp/new_var
Перенесли туда (не скопировали) содержимое/var/*
Отмонтировали new_var и смонтировали его уже в/var
Если все корректно - дописали в fstab
Процедура имеет смысл при загрузке в режиме persistence.

1. Одновременно - не получится, любой из LUKS-слотов расшифровывает диск. Какой при монтировании вы задействовали (с ключом или паролем) - тот и сработает.
2. Да, выносить /boot, в Debian - прекрасно работает (только не забывайте при обновлении вставлять флешку). Но это тоже "относительная" защита, не тянет она на двухфакторную, т.к. по сути, зная пароль, к данным получить доступ не составит труда. Поэтому имеет смысл критичные данные выносить на отдельный раздел, шифровать его с применением ключа. Ключ на флешке неочевидный файл, (постороннему, завладевшему флешкой должно быть абсолютно непонятно, что именно является ключом). Но корень шифруется с вводом пароля, поэтому, добраться до /etc/crypttab, в котором монтируется раздел (и указывается ключ), не зная пароля - не получится

Универсальных инструментов 2:
1. Прямой договор, с тем оператором, на чью номерную базу принимают смс, с подключением своего SMSC по каналу SS7. Если номеров сотни - будьте уверены, используется этот "инструмент".

2. GSM-шлюз. Если номеров не много - это решение гораздо дешевле и быстрее разворачивается.

К примеру IMEI. Может ли он определиться в вафле?

Нет. Но его может использовать какое-то приложение на смарте в качестве идентификатора, если приложение передает данные в открытом виде (моловероятно, но теоретически) - то анализируя трафик его можно извлечь.

Желательно ли отключить на время личные симки?

С какой целью? Сим-карты не взаимодействуют с wi-fi сетью.

У моего смарта идёт 2 разъёма под сим, значит 2 IMEI?

Да. Но на некоторых китайцах они могут быть одинаковыми.

А IMEI может передавать в фоне сотам данные даже с отключенными, либо вообще вытащенными симками?

С выключенной передачей ничего не передается. С включенной, когда телефон зарегистрирован в сети - да, периодически при процедуре Location Update передается.

Хотя там у меня был Рут, а значит даже после удаления некоторые программы могут самостоятельно за пуститься и обойти фаервол... Или нет?

Ничего не понимаю. Как что-то может запустится после того, как его удалаили?

К примеру я знаю что в вафле палятся модель телефона, версия ос и т.д. Может какие-нибудь приложения для изменения этих данных?

Для кого палятся? Для администратора сети? Для третьего лица, которое мониторит трафик?
Смотрите. Модель смарта берется из мак-адреса. Вы пишете, что его меняете. В заголовке http-запроса браузер передают некоторые данные об ОС. Если нужно их подменять - посмотрите в сторону XPrivacy например.
Да, есть еще не всегда очевидные утечки, но их обсуждать не имеет смысла, пока Вы не сформулируете точнее, от кого и при каких условиях скрывается информация

Забыл сказать, что так-же необходимо скрыть свое местоположение на время пробывания в зоне вифи.

От кого скрыть? Вы не четко формулируете - корректно ответить не получится.

Для начала имеет смысл определить, от каких рисков вы собираетесь защищаться. Шифрование скроет содержание от посредников (людей, получивших доступ к письмам между вашими компьютерами). Электронная подпись направлена на подтверждение того, что содержание и отправитель не изменились в процессе доставки.

Если Вы не компетентны - свой сервер явно не имеет смысла - это только увеличит риск.

Классический способ - это использование PGP/GPG. Но не забывайте, использовать должны как Вы, так и Ваши контрагенты. И это в очень малых случаях вообще имеет смысл без применения других мер безопасности, т.к. на данном этапе получить доступ к содержимому компьютеров, на которых эти письма пишут/читают представляется более простой задачей.

Могу еще порекомендовать сервис Proton Mail шифрование встроенное, плюс там есть несколько замечательны возможностей, таких как отправка шифрованного сообщения контрагенту, который работает с обычной почтой.