ну, еще раз: "не от хорошей жизни". В чем-то проигрыш. Сделать сохранение не проблема, проблема с гарантированным временем доступа.
посмотрите выступления Аксенова (сфинкс), он хорошо расскзаывает, что внутри баз данных и вообще
просто инструменты выбираются под задачу, и где-то на такие потери можно забивать (те же логи), где-то - нельзя (интересно, там где "нельзя", вообще можно ли очереди в контексте использовать)
так, как Вы описали
проще говоря - движок же на сервере, локально никак
локально можно попробовать написать тулзу, экспортирующую данные из Эвернот файла и выполняющую поиск, но это и подороже и хз насколько вам нужно, проще тогда уж писать прогу прямо под задачу
отпределить функционал, свой сервер/аренда, и начинать молиться на программиста
обычно используют три категории: salesforce (кто при деньгах, да при больших - ибо даже прогеры дорогие, и чуть ли не в США нанять дешевле, чем в Индии/ОДеске), что-то начальное - допиливаемое с молитвами, типа SugarCRM / vTiger (последний ужасен, но дешев, с Сугаром не работал, ну а хвалят их всех) и - что-то посередине, "посередине" в РФ прописаны трое: Мегаплан/Битрикс/Террасофт, с вариациями примерно одной стоимости
можете выполнить поиск на fl.ru/Одеск/Фрилансерком для примерной оценки и перспектив внедряемости
индекс хотя бы по user ускорит
ну можешь всунуть 'столб' WHERE IN, но маловероятно что это изменит что-то