А вы выясните, почему падают те, что есть на изначальной странице? Я в таких случаях пользуюсь $processOutput = true и доволен. Проблемы возникают двух типов. Во-первых, могу повторно тянуться какие-нибудь js из assets. Для этого в подгружаемой вью укажите, что некоторые вещи грузить не надо, они в материнской странице уже есть. Типа
Yii::app()->clientscript->scriptMap['jquery.min.js'] = false;
Хороший принцип - принцип отделения кода от данных и всего этого вместе - от представления. Если хочется чего-то серьезного (а раз вы задаетесь вопросом быстродействия include, то на это похоже), отделите представление (html) от кода (php). Соединяться они имеют право только в скомпилированных шаблонах. Отвечая на вопрос - include очень быстр. Если вдруг, по какой-то неведомой мне причине, вам не хватит быстродействия, надо копать в сторону APC. Ну или бросить шаред хостинг и арендовать VPS.