1) статические страницы открываются?
2) обращения с localhost через «wget -S ...» тоже не работают?
3) страница с <?php phpinfo(); ?> что-нибудь возвращает?
4) что в момент проблемы говорят команды «free» и «ps axwwll»?
5) предварительно проверьте настройки MySQL через mysqltuner,
6) проверьте в момент начала проблем загрузку через mytop.