3. Git — сложен и несет массу дополнительных знаний.
git config — один раз в жизниgit initgit clonegit commitgit branchgit checkoutgit mergegit pushgit status, git diff и тп. Без git remote, git pull, git fetch и еще кучи команд, а также хитросокращенных команд типа git checkout -b и др. можно легко обойтись на первых порах. Большую часть перечисленных команд можно тоже доверить IDE. Остальное — по мере необходимости. Вам лично, конечно же, придется во многом разобраться тщательно.
Выполнять пока не вернет 0 строк affected. Делаете нужные интервалы между запросами, чтобы вакуум успевал. Limit можно больше, например миллион, если таблица не очень нагружена писателями