darksladen

Вопрос некорректен, т.к. слишком много неизвестных переменных.
В общем случае правки делать прямо на сервере лучше не нужно. Тем не менее, если это мелкие правки и доделки например стилей или скриптов - бекапим нужные файлы, правим на сервере и берем оплату. Это если задачи порядка "поправьте у меня что-то на сайте текст налазит на картинки" и т.п.
Если же задачи сложней, например разработка дизайна, или создание плагина, или правка купленного шаблона темплейтмонстра - процесс будет иным, и зачастую у каждого свой, потому что каждому будет удобней так или иначе это делать. Кому-то в дропбоксе, кому-то в гитхабе, кому-то по фтп с локалхоста заливать. А кто-то вообще CI у себя развернул.
У меня например если мелкие заказы от постоянных клиентов, есть директория заказчика на диске "projects", там создается директория по текущему проекту. Результат передается удобным для заказчика способом, то есть зачастую просто по почте или заливается на файлообменник и опять же по почте. Потому что неайтишным заказчикам именно так привычней и понятней работать. Если задача занимает день или даже неделю - зачастую бекапиться и контроль версий вести нецелесообразно.
Более крупные проекты - это уже совсем другой разговор. Там уже и серверные бекапы, и контроль версий, и распределенная работа, и асана. Так что в данном вопросе нельзя дать единственный правильный ответ.

Просто.
Берешь и работаешь.
Понял?

git init
touch .gitignore
virtualenv venv
source venv/bin/activate
touch {config,script}.py
vim

Что вам мешает взять самому и выписать план на бумажку ?
У каждого свои планы

1. Получение четкой задачи.
2. Согласование сроков.
3. Получение предоплаты.
4. Работа в срок.
5. Сдача.
6. Получение оплаты.

Поскольку со сроком согласились или даже сами его установили, то проблем в него уложится нету. Если есть, то не надо работать на фрилансе.
Если есть проблемы с оценкой времени, используйте программки для учета. Довольно быстро все становится понятно.

Также интересует насколько хорошая практика делать правки прямо на сервере

Ну как она может быть хорошей, сами-то подумайте? Откатывать потом из бэкапа хостера? А если там один архив на десяток сайтов?
Вариантов может быть много, но копия "как было" всяко должна остаться.
Обычно к таким запасным копиям пишу срок хранения. Типа "project-name-backup-delete-09-2017".

С такими вопросами рекомендую идти в офис. Серьезно. Пару раз за раздолбайство выгонят и придет осознание как начинать работу.

Нет вы все не верно понимаете. Задумайтесь вод над чем -> Программировать можно и без ПК и без процессора, и вообще не привлекая технику. От этого суть программирования не меняется. А у вас в определении сплошные "процессоры".
Если грубо, то Программирование - это процесс написания логических инструкций, в большей степени ориентированных для прозрачного и четкого понимания со стороны других людей.

А у вас... Такое ощущение что вы копирайтер и пишите статью на тему в которой совершенно не разбираетесь. От обилия красивых слов умнее высказывание не становится.

Хоть мелки, хоть крупные правки обычно подключаюсь с FileZilla, вношу правки, сохраняю, всё, все рады.

Только через юзерагента

$_SERVER["HTTP_USER_AGENT"]

Например мой имеет
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/51.0.2704.106 Safari/537.36

Где написано что я под Windows NT 10.0; Win64; x64

У Three.js отличная дока. Вот то, что вам нужно, скорее всего: Texture и ObjectLoader.
Если что-то непонятно, то на сайте куча примеров, можно найти что-то похожее.

Если вопрос относится к Angular2, то, посмотрите, пожалуйста, здесь
https://blog.thoughtram.io/angular/2015/05/03/the-...

Небольших правок не бывает
Бывают просто правки
И их нужно делать также как и выкатку нового релиза