До последней версии MySQL которая есть в CentOS 6 можно обновить командой yum update mysql-server
Другое дело что CentOS 6 уже не поддерживается и репы перенесли в архив. Так что у тебя скорее всего и yum работать не будет.
Нужно
починить yum а после обновить MySQL сервер.