1. У них на форуме их много в разделе WebAPI. Я юзаю WebUI v0.383 — в ней можно выбирать подпапку для загрузки.
2. Там же есть возможность у уже загружающегося торрента отметить нужные файлы.
А я вот фанат GWT.
Почти вся логика будет на клиенте, а на сервере только непосредственно обработка мультиплеерности, как я думаю.
Все будет работать на аяксе.