Если вы выбираете движок как программист — берите то, в чем лучше разбираетесь.
Если как заказчик — берите то, в чем лучше шарит ваш программист \ разработчик.
Любой движок нужно будет затачивать под ваши нужды.
Так же можно ориентироваться на:
1. сколько вы готовы заплатить за движок и его настройку.
2. насколько вам нужна российская адаптация (системы оплаты, документы, 1С) — если нет — можно брать бесплатные, если нужны — лучше коммерческие.
В общем принцип простой — коммерческий движок позволяет немного сэкономить на доработке (и хорошо сэкономить по времени), потому что многие вопросы уже решены.
Я пробовал Битрикс, Netcat, HostCMS, djem, PrestaShop, OpenCart, osCommerce, Magento и другие, наиболее тесно работал с Joomla! Virtuemart и Webasyst Shop-script.
Под магазин сейчас выбираю последний. С одной стороны, он довольно пустоват (все фильтры и т.д. прикручивать дополнительно — но я это уже сделал за недорого на одном магазине, дальше бесплатно по накатанной), зато:
— полностью готов к работе с российскими системами оплаты, документами, 1С;
— стоит относительно недорого (тем более как партнер я получаю его со скидкой);
— все требуемые доработки недорогие (по сравнению с тем же битриксом — разница будет на порядок).
Из бесплатных смотрите OpenCart, PrestaShop или Magento (последний посложнее будет и доработка под него недешевая)
Если вы хотите делать много магазинов — возможно вам Netcat приглянется. На одной копии движка можно сделать много сайтов одного владельца — дорабатывать и поддерживать придется только один, да и как универсальная CMS сейчас это мой выбор.