При устройстве самозанятым четко проговорите с работодателем:
1. Отпуск - условия, оплату, и т.п.
2. Больничные - сколько дней можно болеть без больничного, требуются ли вообще больничные, в каком размере оплачиваются
3. Налоги (Вам должны перечислять дополнительные 6%, которые отдадите в налоговую)
4. Так как работодатель не платит за Вас отчисления в пенсионный и т.п. фонды - он экономит примерно 30% от Вашей зарплаты. Обычно в такой схеме предлагают зарплату чуть-чуть выше рынка. Плохо ли это? Решайте сами.
Нужно понимать, что будучи самозанятым/ИП Вы не имеете официального права на отпуск и на больничные, то есть отдыхаете и болете бесплатно. Но большинство работодателей, работающих по такой схеме, стараются так или иначе компенсировать это.
По поводу трудового кодекса и гарантий - могу рассказать немало историй про увольнение неугодных сотрудников одним днем. Из полностью белых компаний с официальным трудоустройством. И про отсутствие отпусков, и про отсутствие обещанных при трудоустройстве премий.
Про пенсии и "бесплатную" медицину тоже много могу рассказать, к сожалению... Поэтому нужно ли платить пенсионные и страховые отчисления с официальной зарплаты - вопрос очень неоднозначный.
В общем, нравится работа - способ трудоустройства не слишком важен. Захотят кинуть - кинут в любом случае.