Все уровни выше users_on_lessons называются денормализацией - хранить эти данные необязательно, их можно вычислить из других по цепочке связей.
"Правильно" в данном случае не существует, вы выбираете на каждом конкретном проекте между скоростью и консистентностью. Храните денормализованные данные? Тогда придётся обеспечивать их связность, чтобы не оказалось, что в users_on_lessons пользователь привязан к одному топику, а в users_on_topics к другому. Храните только "жёсткие" данные? Тогда будьте готовы считать нужное.
Я в данном случае не вижу необходимости в денормализации в том виде, в котором вы её реализовали. Курсов относительно немного (а пользователь всегда работает только с одним из них в момент времени), в каждом курсе относительно немного глав, в главе немного топиков, в топике немного уроков. Посчитать по уроку где там пользователь в этом дереве совсем не сложно прямо на клиенте, а ведь ещё у нас есть возможность кешировать данные.