Как оптимально получить симметричные данные в таблице?

inner join и просто join эквивалентны.
Это вопрос удобства чтения кода и того, охота печатать лишние буковки или нет.

Как передать координаты произвольному элементу на странице?

нужно, чтобы блоки element [были] разбросаны по странице,

В каком порядке, в произвольном?

координата верха у preview

Я так понимаю, есть верхняя сторона, и речь идет о ее координате Y?
Или все же вы сравниваете левые верхние углы блоков?
Покажите графически, что вы имеете ввиду.

Как скачать изображение с поле input?

Необходимо вызвать диалог загрузки файла в браузере, как будто браузер принял по http вот такие заголовки:

Content-Type: application/pdf
Content-Disposition: attachment; filename="downloaded.pdf"
/*тело файла*/

Но без участия сервера.

Не работает мышь на Windows 7 после Linux (Ubuntu 16.04)?

Модель бы мышки еще, чтобы понять степень навороченности ее функционала и драйверов (и попутных глюков), а также модель материнской платы.

Не работает мышь на Windows 7 после Linux (Ubuntu 16.04)?

Только после "железного" ребута (нажатием кнопки резет) мышь приходит в норму или из Windows штатной перезагрузкой тоже лечится?

Как делаются нестандартные элементы форм доступными, кроссбраузерными?

Любой JQuery плагин берете и смотрите, что используется в качестве основы, и что с основой происходит когда вызывают инициализацию $().название_плагина().
Например, chosen.
За основу этого плагина-выпадающего списка используется стандартный select.
После вызова обертки $('select').chosen(), стандартный select прячется:

<select data-placeholder="Choose a Country..." class="chosen-select" tabindex="-1" style="display: none;">...</select>

А на его месте появляется:

<div class="chosen-container chosen-container-single" title="" style="width: 350px;"><a class="chosen-single chosen-default">...</div>

Насчет синхронизации, я был не точен.
По умолчанию, плагины не синхронизируют свое состояние с исходными элементами.
Но вы можете прописать обработчики событий, например, для события выбора пункта выпадающего списка, чтобы в исходном select происходило смена атрибута selected у его option или записывать состояние выбора нескольких пунктов в отдельный скрытый input с одним и тем же именем параметра, что select (тип hidden), если стандартный select не поддерживает такой режим.
Или перехватывать submit-событие и также дополнять форму необходимыми input-hidden элементами.
PS: В вашем случае можно кастомизироваоть под нужный дизайн необходимый набор JQuery плагинов или использовать плагины другой библиотеки, если JQuery вам не подходит, или у вас подключен еще какой-то набор JS-библиотек, которые позволяют делать аналогичные вещи.

Как делаются нестандартные элементы форм доступными, кроссбраузерными?

Если использовать механику JQuery виджетов, то при инициализации виджета стандартные input и select элементы скрываются из виду, и появляется на их месте спец. обертка, но при этом их содержимое синхронизируется с содержимым визуальной обертки, чтобы при submit не нужно было делать лишних операций для отправки параметров полей.
Еще вариант - делать прозрачными элементы input, но с сохранением геометрических размеров. Под инпут просто подкладывается стилизованный элемент (актуально для input с типом file).

Сравнение и запись в файл одинаковых строк?

Как насчет использования базы данных вместо файлов?

Как выявить неработоспособные/слабые RFID-метки?

В поле видимости рамки может попадать строго одна метка в единицу времени или будет предприниматься попытка считать все досягаемые метки?
От этого будет зависеть способ и трудоемкость решения.
И еще.
Помимо RFID-метки у вас есть возможность идентифицировать факт прохода единицы груза под рамкой другим способом?

Как правильно создать такой SQL запрос?

Посмотрите мой ответ на вопрос.
У вас в точности по аналогии будет решение.
Как произвести правельную выборку статей со всеми тегами?

Как правильно контролировать подключения к БД (pdo)?

$pdo = new PDO($dsn, $user, $pass, $opt); // открыли соединение
.........
$pdo = null; // закрыли соединение

Это похоже на вирус в Bitrix?

Черным по белому же написано:

$urls = array("google.", "yandex.", "yahoo.", "aol.", "msn.", "rambler.", "mail.", "ya.", "bing.", "qip.");
for ($i=0; $i < count($urls); $i++)	
if (strpos($_SERVER['HTTP_REFERER'],$urls[$i])!==false){
  if(is_mobile())
    exit('<script>window.top.location.href = "http://ltell.ru/";</script>');
  }
 }

"Если клиент пришел из поисковых сайтов и он из мобильного браузера, то перенаправлять его на ltell.ru"
Если по тех. заданию у вас не запланировано такое поведение, при котором возможно отрабатывание этого скрипта, то ищите в чем причина его появления.

Это похоже на вирус в Bitrix?

Если задан адрес перенаправления и не установлена кука SESSION_ID27, то устанавливаем ее = 1.
Этот часть не содержит ничего криминального.
А вот если в php-файлах вы обнаружите обфусцированный код, или левые конфиги в htaccess, или, вообще, в каталогах находятся левые исполняемые файлы (естественно, для этого случая у вас должно вестись отслеживание версий файлов проекта), то тогда надо призадуматься.
PS: Чтобы такие вопросы не задавились, нужно ставить файлы под отслеживание версий, и под любое изменение писать комментарий.

Как кэшировать файлы так, чтобы потом не возникло проблем при обновлении?

Технически, зайдет любой уникальный Get-параметр, который никогда не повторится при обновлении для конкретного url.
Еще как вариант, можно использовать отметки времени:
?timestep=201809292145

Почему при копировнии css стилей из firefox копируются пустые строки?

когда копирую стили css из инструментов разработчика в firefox копируются пустые строки

Скорее всего стоит посмотреть в ваших конкретных версиях Chrome, Firefox и редактора кода, какие символы перевода строк Chrome и Firefox используют при операциях работы с буфером обмена, а также какую комбинацию символов или отдельные символы интерпретирует как перевод строк ваш редактор кода.
У меня что Crome, что Firefox генерит переводы строк как пара символов CR LF, с моей стороны не понятно, почему у вас проявляются различия, не исследовав вышесказанное.

зачеркнутых стилей они копируются а не зачеркиваются как в chrome и как это исправить

Очевидно, что пока разработчики отладчика Firefox не додумались конвертировать закомментированные CSS-свойства при копировании в буфер обмена, следует им подкинуть эту идею.)

Как взаимодействовать с блоком2, наводя на блок1?

В каком отношении стоят элементы с классом "a" и с классом "i"?
В вашем примере селектор с классом "a" является родителем (контейнером), в котором лежит элемент с классом "i".

Нужен ли слепой 10-ти пальцевый набор?

На первых порах у юного программиста может и будет созерцание клавы.
Но с переработкой тонны кода и печати комментариев к коду, а также попутной документации, необходимый навык уверенного набора придет как побочный эффект.
Насчет спец. тренажеров для набора текста, даже не надо заморачиваться. Всегда найдется, что печатать.

Как остановить выполнение всего кода js на определённое время?

Ставите точку останова внутри тела цикла - получаете задержку.
Во время задержки можете изучать состояния локальных переменных и глобального содержимого window - это и есть исчерпывающая практическая потребность.
Эту возможность вам обеспечит только js-отладчик браузера, а не конкретная js-библиотека.

Как остановить выполнение всего кода js на определённое время?

Почему вы брейкпоинты в режиме отладки не используете?

См. точки останова.

Почему не добавляет данные в mysql?

data/debug-'.$i.'.log
Если вы вписали файл логирования, то стоит, наверное, просмотреть логи, если что-то пошло не так?