Вы сначала делаете:
1. Cписок то чего бекапим.
2. Когда бекапим.
3. С какой периодичностью бекапим.
4. Как проверяем что бекап корректен.
5. Определяем сколько времени должны хранится бэкапы.
6. В боевом режиме бэкапим когда идет доступ к файлам или во время простоя.
7. Какое время критично для развертывания этих бэкапов( примерное время которое может без потерь простаивать сервер пока идет восстановление данных)
8. Чем бэкапим - базы данных свои инструмент, файлы можно просто tar архивировать и так далее.
9. Сколько резервных копий и где храним.
10. Обязательно оцениваем примерные обьемы, будет плохо если тупо на третьем бэкапе диск кончится или в облаке место....
Далее настраиваем cron и какие-нить rsync или rclone.
Потом скрипт для проверки целостности данных - прошел бекап или нет - живые там файлы или нет, не проверяя этого нет смысла вообще что-то бэкапить, нужно убеждаться что все работает, а то потом обнаружишь что бэкапы есть но не читаются изза какогонить глюка и это будет эпик фейл...
И вуаля - у вас все настроено.
Но, если речь идет о том что тупо систему скопировать свою ни в чем не разбираясь, и после обновления откатится до предыдущей версии.
Все что выше можно не читать, тупо взять какойнибудь Acronis и делать тупо копии всего диска перед тем как будешь делать какието глобальные изменения, ну или по расписанию.