Ну что же)
Я внесу тоже свой вклад)
Антивирусам не очень нравится сам питон, а не ваш код. В своё время этот интерпретатор засветился в разных вспышках вирусной активности, следы этого до сих пор преследуют его)
Учитывая то, что исполняемый файл, который был упакован какими-то внутренними решениями, по типу (cx_freeze, pyinstaller, py2exe and etc.) по сути является архивом, в котором лежит сам питон, библиотеки и ваш код в формате .pyc(py compiled).
Если ближе к телу, это ложные срабатывания, их никак не избежать, смиритесь или бегите в другой яп, к слову сама идея, переносить змеиные исходники в виде exe очень плоха, питон не совсем нужен для этого)
Соглашусь с
MichaelMih, как вариант использовать альтернативные питоны(cython, ironpython, jython and etc.).
Надеюсь вам помог мой ответ)