Связано с тем, что скрипты Python на самом деле не компилируются. Полученный вами исполняемый файл - это "упаковщик", который при запуске сам из себя читает кусок по некоторому смещению, распаковывает из него во временный каталог, содержащийся внутри интерпретатор Python, его библиотеки и сами ваши скрипты, а потом запускает скрипты на этом интерпретаторе. Вот только последовательность действий "отрезать с конца, распаковать, запустить" характерна для вирусов.