Так же заменить роутер на микротик, с установкой около входной двери и организации всей домашней сети через wi-fi, для отказа от проводов.
Не надо так. Ну только если вы хотите работать в "боевых" условиях, когда каналы связи медленные и забитые. У меня дома наоборот мой комп и комп жены с домашним сервером гигабитной сеткой связаны, чтобы не терять время на ожидание файловых операций.
заменить ATX на mATX для минимизации занимаемого места и уменьшения энергопотребления + снижение уровня шума.
Как уже писали, смена материнки вам особо не поможет. А вот хороший корпус, установка винчестеров на амортизаторы и хорошая вентиляция внутри корпуса - помогут убрать шум. В идеале и винчестеры можно подобрать "потише". А уменьшит энергопотребление или переход на другую платформу. И тут вы или потеряете в производительности компьютера или в оставшихся деньгах на вашем счету.