Да, вцелом всё так - делаете резервную копию конфигурации и содержимое /var/lib/asterisk (будет ужадено при очистке), удаляете, вычищаете старый Астериск, ставите новый, разворачиваете бекапы и проверяете, что все старые конфиги по-прежнему работают. Неплохо изучить отличия версий, чтобы быть в курсе, какие параметры конфигурации были изменены.