Философия Exim не предполагает, что почтовик должен вмешиваться в содержимое писем. Думаю единственный вариант - для писем с аттачами exe (для примера) использовать,отличный от обычного local_delivery, транспорт с параметром transport_filter для обработки любым скриптом/ПО, где будет переименован аттач и exim получит для доставки уже безопасное письмо. Можно использовать как раз утилиту по вашей ссылке.