Надо исправить репозиторий Zabbix - была именно такая ситуация. В файле /etc/apt/sources.list.d/zabbix.list должны быть строчки:
deb http://repo.zabbix.com/zabbix/4.0/ubuntu xenial main
deb-src http://repo.zabbix.com/zabbix/4.0/ubuntu xenial main
Строчки с версиями 3.4 удалить. После исправления файла все заработало как должно.