Аналогичная ситуация, решил созданием задачи для каждого запуска сервера внесением ключей реестра:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontDPI]
"LogPixels"=dword:00000078
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles\0000\Software\Fonts]
"LogPixels"=dword:00000078
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles\0001\Software\Fonts]
"LogPixels"=dword:00000078
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles\Current\Software\Fonts]
"LogPixels"=dword:00000078
[HKEY_CURRENT_CONFIG\Software\Fonts]
"LogPixels"=dword:00000078
При каждом запуске - потому что при однократном применении слетало на стандартные значения. Еще для подстраховки в скрипт входа пользователя добавлена строчка:
if /i %computername%==srv-term REG ADD "HKCU\Control Panel\Desktop" /v "LogPixels" /t REG_DWORD /d 0x00000078 /f
Пока все работает, но почему такая простая функция не сделана "из коробки" - непонятно.