Судя по всему, у вас был доработан план счетов, конкретно по вашему вопросу: изменена аналитика счета 68.2
Поэтому, когда вы обновили конфигурацию на типовую, при сохранении обновления, база данных была приведена в соответствие с конфигурацией, т.е. из нее были удалены данные субконто которые не соответствовали типовым. Затем вы, увидев в оборотке что данные пропали, вернули настройку счета 68.2 к тому состоянию, которое было до обновления, но, данные уже не вернулись, потому что их просто нет в таблице проводок.
Теперь, чтобы всё исправить, вам нужно восстановить базу данных из архивной копии, и снова её обновить, но в этот раз, не сохранять изменения сразу, а открыть в конфигураторе план счетов и вернуть настройки субконто счета 68.2 тогда при сохранении изменений вы не потеряете данные.
Беда в том, что это скорее всего не единственная проблема, ведь если на счете 68.2 изменена аналитика, значит и документы которые делали по нему движения, тоже были изменены, а после обновления эти изменения потеряются.
Чтобы обновить конфигурацию правильно, не зная какие доработки и в каких объектах выполнялись, вам нужно сначала запустить сравнение и объединение с конфигурацией той же версии что у вас сейчас, и проанализировать все различия - это и будут ваши доработки.
А затем, после обновления на типовую, перенести все эти доработки из "старой" копии, до сохранения изменений.
И еще, очень тревожным для вас звоночком должно быть сообщение "частичная потеря данных" которое выскакивает при сохранении обновления, это говорит о том, что вы что-то пропустили, и у вас потеряются какие-то данные. Даю 100% что у вас такие сообщения были.