Проверить, есть ли связь с сайтом, в моменты появления ошибки. Если связи нет, значит разбираться, куда она пропадает. Если связь есть, смотреть, в коде куда конкретно подключается 1С при синхронизации, какие стоят таймауты, возможно сайт перегружен и не успевает ответить.
В общем, работа творческая, и вы не предоставили достаточно информации, чтобы дать вам четкий и полный ответ.