Vitsliputsli

Достаточно распространённая практика, как правило, так страхуются, чтобы можно было уволить легко. Или как вариант устраивают по ГПХ. Если это лучший вариант, то пробовать. Но они вам ничего не должны, соответственно могут задерживать зп, платить 1 раз в месяц, в худшем случае кинуть. По закону, отсутствие договора это проблема работадателя, но то, что работали, нужно будет доказывать вам, если, конечно, захотите с этим связываться.

Как достичь результата Array ( [key] => 1 [key2] => 3 ) при исходных данных?

Никак, на этапе создания массива $arrays = [ "key"=> 1, "key"=>2, "key2"=> 3 ], элемент с ключом key получил значение 1, а затем значение было переписано на 2, соответственно 1 значение безвозвратно потеряно.
Опишите задачу которую решаете, а не только как решаете.

Как понять достоин ли ты более лучшей зар.платы или ещё не дорос и не надо высовываться даже?

Сходить на собеседование, иных вариантов просто нет. Пока вы сидите и мечтаете, новая хорошо оплачиваемая работа сама к вам не придет.
Работать с api, писать свой api - это must have для разработчика, но насколько качественно вы это делаете? Насколько хорошо вы знаете указанный стек? (вопрос риторический, собеседования помогут на него ответить). Symfony и Laravel это неплохо. Clickhouse - очень интересно, вы его знаете, понимаете? Сами формировали работу с ним? Или просто используете, и для вас это непрозрачно?
Английский - это проблема многих русскоязычных, в большинстве случаев умения читать техническую документацию достаточно, во всяком случае на первых парах.
С удаленкой сложнее, после карантина работодатели стали более лояльны в этом плане, появилось больше вакансий, но сейчас опять смотрят с подозрением, т.к. производительность все же ниже для большинства.
Вопросы на собеседованиях помогут вам ориентироваться в том что нужно сейчас, зачастую бывают вопросы которые считают дико важными, а чтобы изучить их вам понадобится 1-6 часов. Пробуйте.

Все компании разные, в том числе и крупные. И в крупной компании фронт и бек могут быть совмещены, например если попадете в команду разрабатывающую внутренний и маленький компонент. Легче и нудно будет зависеть от компании, а зачастую даже от команды внутри компании. Другое дело, что в крупных компаниях скорее всего не будете клепать сайтики, это будет совсем другое направление, и требования к беку там будут совсем иные, чем те, к которым вы привыкли.

Можно, но не нужно. При переключении коммитьте изменения или используйте stash.

ООП применимо в любой задаче, и да, в очень простых задачах оно может быть избыточно. Объекты ООП имеют мало отношения к реальному миру, это чисто техническая реализация, соответственно исходить нужно из технических требований в первую очередь, а не из биологической классификации видов.
Из вопроса абсолютно не ясно, каковы требования. Вполне возможно что вам достаточно объектов учета, каждый объект это как строчка в книге учета. В зависимости от использования, возможно понадобятся объекты ресурсы даваемые объектами учета. Но все это зависит от предъявляемых требований.

Но данные не получаю. Вроде понял, что это из за того, что это запрос уже считается другой транзакцией, поэтому данных я не вижу.

Ну так делайте это в одной транзакции. Явно объявите транзакцию или как-то иначе отключите автокоммит.

То что вы описываете - это потоки, но нужен интерпретатор php с их поддержкой и навыки многопоточного программирования.
Как вариант, асинхронные запросы к БД, если драйвер позволяет.
Наиболее простой вариант, сделать независимые скрипты, которые будут забирать данные из БД параллельно, и на последнем этапе писать в 1 xls файл, разумеется, нужно добавить блокировку файла и ожидание ее снятия.

Как вариант, передавать в переменную значения разделенные запятыми, в процедуре IN заменить на FIND_IN_SET, что-то вроде:
select * from test where find_in_set(field, 'var1,var2,var3')>0;

Не хватает, как минимум:

#include <fcntl.h>

char buf[7];

Для MySQL <=5.7

select
    id,
    date,
    @s:=(case when type=1 then 1 else -1 end)*sum + (case when @t<>id then (@t:=id)*0 else @s end) sum
from (
    select * from tt order by id,date
) t, (select @t:=1,@s:=0) t2

Либо 2FA, либо меняйте пароль каждый раз.
Либо что-то извращенное, например, если сайт простой, то авторизовываться у себя, и передавать на удаленную машину куку, и не забывать закрывать сессию.

А в чем сложность? В php целый ворох команд, типа exec, для запуска внешних приложений. Используйте их.
Хотя скорее всего этого и не нужно, но без описания задачи не угадаешь.

Я не понял, какая разница между zero и null?

zero - это ноль;
null - это отсутствие значения.

/dev/zero при чтении генерит поток нулей, при записи игнорирует все что в него попадает.
/dev/null при чтении отправляет конец файла, при записи игнорирует все что в него попадает.

Откуда взялся /etc/cron.daily ? Скрипты оттуда стартуют только 1 раз в сутки в определенное время. Используйте обычный список крона.