Привилегии в Linux задаются с помощью capabilities. Отобрав все capabilities, можно сделать из root пользователя даже менее привилегированного, чем обычные.
Для управления capabilities есть несколько программ. Можно воспользоваться стандартной capsh.
Следующая команда запустит root-шелл без каких-либо capabilities:
sudo capsh --drop=cap_chown,cap_dac_override,cap_dac_read_search,cap_fowner,cap_fsetid,cap_kill,cap_setgid,cap_setuid,cap_setpcap,cap_linux_immutable,cap_net_bind_service,cap_net_broadcast,cap_net_admin,cap_net_raw,cap_ipc_lock,cap_ipc_owner,cap_sys_module,cap_sys_rawio,cap_sys_chroot,cap_sys_ptrace,cap_sys_pacct,cap_sys_admin,cap_sys_boot,cap_sys_nice,cap_sys_resource,cap_sys_time,cap_sys_tty_config,cap_mknod,cap_lease,cap_audit_write,cap_audit_control,cap_setfcap,cap_mac_override,cap_mac_admin,cap_syslog,cap_wake_alarm,cap_block_suspend,cap_audit_read -- -c bash
Можно поместить её в скрипт и назначить shell'ом пользователя, если вы понимаете, что делаете, и к чему это приведёт.