В Gentoo можно переопределить команду скачивания пакета (FETCHCOMMAND), чтобы она вместо скачивания пакета с исходниками выводила в список ссылку на него вместе с именем файла, которое ожидает emerge. Потом список записывается на флешку, файлы скачиваются на компе с интернетом, а потом переписываются в каталог distfiiles, и emerge их видит.
Я не могу сказать, может быть аналогичный способ можно применить и к другим дистрибутивам, чтобы не качать весь репозиторий целиком? У Gentoo репозиторий делится на две части, дерево portage и distfiles, portage это индексная часть, которая отвечает за информацию о том, как собирать пакеты и какие между ними зависимости, и имеет сравнительно небольшой размер, около 200 Мб или 50 Мб в сжатом архиве, а distfiles это просто файлы с архивами исходников, которые могут весить много. У Debian обе части хранятся в одном дереве. Можно было бы скачивать только индекс (Packages.gz), а пакеты только по необходимости, как описано выше, через переопределение команды загрузки.
Если компьютеров в сети с одинаковой конфигурацией Gentoo много (архитектурой, use флагами, параметрами сборки, зависящими от процессора), то пакеты собираются на одном по указанной схеме (надо ещё прописать FEATURES="buildpkg" для формирования бинарных пакетов), а на остальных прописывается PORTAGE_BINHOST, указывающий на этот компьютер, чтобы ставить из бинарника, а не собирать на каждом.
https://wiki.gentoo.org/wiki/Binary_package_guide
Если конфигурация на разных компьютерах разная, то можно просто сделать общую директорию distfiles по NFS, чтобы не копировать файлы вручную.