VT100

1. На ночь - отключать питание колонок. Днём класть на всё.
2. Жаловаться в ... какой-то надзор?
3. Купить в магазине 2..3 ферритовых кольца с высокой проницаемостью (1..10 тыс. ед.). Вокруг одного кольца сделать 2..5 витков входного провода. Вокруг другого - провода на пассивную колонку. Вокруг третьего - провода питания. Кольца расположить как можно ближе к плате усилителя.
Может поможет.

Можно предусмотреть в цепи питания каждого из устройств перемычку для подключения амперметра и править ПО наблюдая ток потребления, как в фильме "Аполлон-13". Надо только помнить, что не всякий прибор сможет показать, например, GSM-burst.
Но, поскольку для адекватной правки всё равно надо будет изучать документацию, то можно с неё и начать... Токи потребления в режимах ожидания - дадут верхнюю границу тока покоя системы. В рабочих режимах - типичное потребление тока. Далее - проинтегрировать эти токи за длительный период. Например, за час состояние ожидания составит 50 минут, работа без передачи данных - 9 минут и передача данных 1 минута. Средний ток = (I1*50+I2*9+I3)/60. И не забывать пересчитывать токи DC/DC конвертеров через мощность на выходе и входе (сообразно измению напряжений) и типовому КПД.

По "схемотехнике" - изучать схемотехнику. Например - Харрис и Харрис или Хоровица и Хилла.
По "топологии", например, - это: caxapa.ru/lib/emc_immunity.html

Поищите, что пишут тут по словам HDL Verilog.
Если интересует получение процессора в кремнии - поищите на сайтах фирм Synopsis и Cadence - в каких вузах у них есть университетские программы. Вроде я правильные фирмы назвал?
Если интересует разработка процессора "на бумаге" и работа с образцами - поищите тоже самое на сайтах фирм Xilinx, Intel/Altera, Lattice.

Раз это пьезопреобразователь, то у него возможна сильная зависимость ёмкости от приложенного напряжения. Имеется в виду, вероятно, что измерение надо провести при том-же [среднем] уровне постоянного напряжения, который будет приложен к преобразователю в реальной схеме.

1. Про то, что это сборка из 4 независимых резисторов - уже ответили.
Слева от R12 что? Напряжение питания или эти-же сигналы? Если первое - всё норм (см. ответ про "подтяжки"). Если второе, то номинал завышен на 1.5-2 порядка.
2. Я бы сказал, что достаточно от 1 до 10 кОм. Чем меньше - тем меньше влияние помех. Значение надо согласовать с последовательными резисторами в линиях, если они есть. Критерий - обеспечение достаточно низкого уровня при передаче " 0".
3. Х.З. что это. Что с другой стороны разъёма?

Усилитель мощности проверять (то, что запитано от разъёма "T" "DC board"). А с учётом "Сделал жирный жучок" и "Еще один странный момент," - лучше поручить это более сведущему человеку.

Лучше привести текущую схему, что-бы не вызывать потом ещё и телепатов.
Пока вижу два явных косяка и один предполагаю:

• Явный грубый, как уже отметил Владимир, - конденсатор на входе, срабатывающем по фронту.
  
• Явный нежелательный - использование программного SPI (aka ногодрыг). Делать надо хорошо (аппаратный), плохо - всегда успеешь.
  
• Предполагаемый грубый - резисторы в цепях питания 74HC595. Зачем?
  

Сейчас получается на плюс и минус питания по 1ком стоит(при 3.3v) и эти резистры общие для всех регистров, это всего 5 милиампер которые они делят между собой.