Хранить связи в отдельной таблице например.
Называется такой шаблон проектирования "closure table", подробно описан здесь -
habrahabr.ru/post/193166
PS
И, собственно, вот как я это делаю:
Использование однобуквенных переменных, использование функций mysql_*, использование отступов в два пробела, смешение запросов к БД и вывода данных - это, чего в коде быть не должно никогда. Я не знаю, какой источник вы используете для получения знаний о програмировании на PHP, но знайте - он устарел минимум на 10 лет.