Научите делать ярлыки, вместо копирования.
Но вообще то, проблема и решение зависит от причины, зачем пользователи это делают. Возможно использовать общий файл им не удобно? Общий файл одновременно сложно использовать по причине программы, его открывающей?
Решение может оказаться на столько дорогим (переделать программу) что проще подключить административный ресурс, а следить за исполнением внешними скриптами... Кстати, теми же скриптами можно около дубликата создать ссылку на оригинал?