Подготовьте окружение и перенесите данные.
Чтобы в дальнейшем не было боли, напишите для вашего окружения скрипты (Bash/Python) или сценарии (Ansible).
Делайте снепшоты или бекапы.
В идеале об этом должно позаботиться ваше окружение. Чтобы весь сервер не ворочить, а сохранять только данные приложения. Например реплицировать базу данных.
Конвертируйте в RAW и записывайте посекторно на флешку. В Linux это dd в Windows можно с помощью UltraISO.
Но не факт, что этого достаточно. Диски для виртуалок несколько другие.
Для передачи третьим лицам лучше всего подходит виртуализация на уровне железа (KVM/Hyper-V/VMware).
Для контейнеров, только OpenVZ. На LXC/LXD будете сильно ограничены. Docker вообще не про это.
