Дело в верификации. Letsencrypt проверяет, что у вас есть доступ к домену по DNS или к серверу.
Простые DV платные тоже самое.
Имеет смысл, когда верифицируете организацию.
Что именно грузит? Cgroups может помочь. Можно некоторые ограничения для MySQL пользователя сделать.
Если нагрузка легальная, то ограничения вам не помогут. Ищите источник.