Пора бы дистрибутив обновить. Это походу Debian 6, который давно пора похоронить. Я бы на вашем месте настроил параллельно сервер и импортировал пользователей. Это будет быстрей, чем разгребание траблов, с которыми столкнетесь при обновлении.
Я бы на вашем месте с JS на клиенте был осторожней. Вы не представляете, сколько народа сидит за зас**анными компами. Вечно у них, что-то не открывается или отваливается. А это покупатели!
Сервер настроить можно. А что это вообще за график?
Я так предполагаю, что это время генерации страницы. Буквально сегодня с этими попугаями боролся на ISPmanager 5 Lite. Так вот там например в PHP 7(alt) по-умолчанию отключен Zendopcache. После включения разница заметная, примерно в 2 раза.
