SagePtr

SSD легко чистится командой blkdiscard в Linux. Но некоторые накопители на TRIMнутых участках не сразу нули возвращают.

Набор шифров не поддерживается. Сервер для TLS 1.2 поддерживает только эти:

TLS_ECDHE_RSA_WITH_AES_256_GCM_SHA384 (0xc030)   ECDH secp256r1 (eq. 3072 bits RSA)   FS	256
TLS_ECDHE_RSA_WITH_AES_128_GCM_SHA256 (0xc02f)   ECDH secp256r1 (eq. 3072 bits RSA)   FS	128
TLS_ECDHE_RSA_WITH_CHACHA20_POLY1305_SHA256 (0xcca8)   ECDH secp256r1 (eq. 3072 bits RSA)   FS	256

А IE поддерживает ECDHE только в паре с ECDSA-сертификатом (а там на сервере RSA).
https://www.ssllabs.com/ssltest/analyze.html?d=aut...
В техподдержку обращаться не стоит, вряд ли для вашего IE сделают исключение и разрешат заведомо более слабое шифрование.

За Windows 7 не скажу, но в Windows 10 нужно для пересоздания раздела восстановления сначала скопировать файлы WinRe.wim и ReAgent.xml в C:\Windows\System32\Recovery из образа install.wim с установочного диска.

Тут права доступа NTFS менять. А основной ли раздел или дополнительный - никак не влияет на файловую систему, это костыли старой MBR-разметки дисков, позволяющей создать не больше 4 основных разделов.

Если это NVME, то может не хватать драйверов IRST установщику винды, или отключить VMD в BIOS.

Тут зависит от того, как конкретно эта программа определяет второй экземпляр. Способ, который гарантированно сработает - запускать другие экземпляры в полноценной виртуалке (VirtualBox к примеру).

Да, к примеру, Macrium Reflect даже в бесплатной редакции умеет клонировать системный диск

А что мешает загрузиться с установочного диска, выполнить трюк с подменой utilman.exe на cmd.exe и создать новую административную учётку?

https://stackoverflow.com/questions/9042542/what-i...

Назначить себя владельцем этой папки и файлов в ней, затем удалять.
Ещё как вариант, загрузиться в Linux и удалить, Linux игнорирует права доступа NTFS.

Я бы в первую очередь проверил бы жёсткий диск и оперативную память. Файлы сами по себе биться не должны. Может ещё быть вариант со зловредом.

Это уже вопрос не к Windows, а к git-клиенту под Windows, который использует не все возможности файловой системы.

P. S. S. загрузился с винды. Потом загрузился снова с убунты и все заработало. Хз как это работает

Очень просто, ntfs-3g (или какой там в убунту используется драйвер для доступа к NTFS) не монтирует том NTFS на запись, если он помечен как "грязный". Это сделано во избежание возможного повреждения данных на томе, т.к. файловая система NTFS проприетарна и не документирована официально. А "грязным" том помечается в том случае, если завершение работы системы было неожиданным. Потому загрузка в Windows (и, возможно, последующее выполнение chkdsk, если система этого требует при запуске) решает эту проблему.

При установке винды на новый диск желательно временно отключить другие жёсткие диски по той причине, что установщик винды может обнаружить на них старый загрузчик и использовать в качестве загрузчика именно его, вместо создания на новом диске нового загрузчика. В убунте, кстати, та же проблема.

Видимо, эти диски записаны не в режиме UEFI, а в режиме BIOS/CSM/MBR. Разумеется, если отключить CSM, то и с дисков этих загрузиться не получится.
Без форматирования - можно, если конвертировать системный диск в GPT и пересоздать на нём загрузчик, некоторые сторонние программы могут это сделать. Средствами винды - диск в GPT преобразовать нельзя, пока он не пустой.