Да, вполне можете перенести все данные на второй диск, снять его, поставить ОС и вернуть все данные обратно. Конфликта новой ОС и старого диска не будет. Удалять второй раздел на первом диске необходимости нет: можно удалить только первый и на свободное пространство ставить ОС - она сама всё разметит как ей надо, а второй раздел не тронет. Если надо увеличить раздел под ОС - можно легко перераспределить пространство с помощью Acronis Disk Director или GParted загрузившись с флешки (запись черезе Rufus на флешку делается).
Возможны только проблемы с правами доступа, если файлам/каталогам были присвоены какие-то права доступа - обычно это файлы из профиля пользователя и системного диска. Решается через обновление прав доступа в корневом каталоге: свойства -> безопасность -> дополнительно -> владелец -> изменить -> выбрать себя -> Ok -> поставить галочку "заменить все записи разрешений дочернего объекта наследуемыми от этого объекта" -> Ok.
