Да, при установке Windows крайне рекомендуется отключить все накопители кроме того, на который производится установка. Из-за того, что установщик Windows не позволяет выбрать, на каком накопителе создавать загрузчик, есть риск, что он создаст не там, где ожидается, если накопителей несколько. Алгоритм автоматического выбора у него слегка нетривиальный.