KnightFungus, не сталкивался с ограничениями, потому на данный вопрос не могу дать ответ. Но программа умеет выполнять как умную копию, так и посекторную, потому не могу представить ситуацию, в которой она может не подойти. В любом случае, после того, как сделаете копию - обязательно проверьте её на полноту и работоспособность прежде, чем избавляться от оригинала.
Для решения задачи, описанной в вопросе, клонировать недостаточно. На Тостере постоянно задают один и тот же вопрос, звучащий примерно так - "Склонировал систему, клон не работает, что делать?".
Виктор, он не только тупо клонирует, но и в загрузчике исправляет все идентификаторы разделов, чтобы они указывали на новый диск. В этом плане всё правильно делает. Единственное - драйвера под новое железо туда не доустанавливает в установленную ОС.
SagePtr, этого тоже иногда недостаточно. Как верно заметил Сергей Кузнецов, для решения этой задачи правильнее будет вместо клонирования применять миграцию ОС (эта опция есть по крайней мере в двух известных мне менеджерах разделов - AOMEI Partition Assistant и парагоновский HDM).
Виктор, видимо, Macrium Reflect эту миграцию автоматом выполняет, потому что ни разу не сталкивался с проблемами при клонировании дисков с использованием этой программы. Кроме случаев, когда клон переносится на совсем другое железо и не подхватывается на нём.