Не надо заставлять Windows это понимать. Не используйте ссылки в коде проекта, они там не нужны.
цель символической ссылки - чтобы web-сервер Nginx понимал обращение по адресу символической ссылки к файлам, которые на самом деле "лежат в другом месте".
Если вы используете ссылки на сервере, чтобы переключаться на новые версии кода, то это не имеет никакого отношения к самому коду. Если вы используете ссылки на сервере, чтобы построить какой-то роутинг, то вы явно что-то делаете не так.
В крайнем случае, не работающая ссылка не отменяет, что файл существует по оригинальному пути.