можно только гадать, и если песочница не помогла, значит у тебя проблемы, пользуйся виртуальными машинами.
Скопировать в разные каталоги (можно делать символические ссылки на файлы программы но сам запускаемый файл нет) и запускать под разными пользователями. Когда то давно давно это работало даже с компьютерными играми с античит (запускал на одной машине несколько рабочих мест aster)
Само собой это может не сработать, способов контролировать наличие запущенной программы много
p.s. например по наличию процесса с нужным именем, соответственно .exe файл можно предварительно переименовать