SagePtr

Как вариант, вообще выкинуть апач к чертям и использовать только nginx + php_fpm.

35 раз - это американский стандарт безопасного стирания данных. В те времена, когда объёмы накопителей были небольшие, данные записывались намного менее плотно, чем сейчас, возможность измерить остаточную намагниченность и по ней что-нибудь определить была намного выше.

Разобраться для начала, почему высота элемента в разных браузерах разная.

К примеру, эту соль хранить в самом хэше

Если есть возможность использовать imagemagick, тогда с его помощью извлечь альфа-канал, изменить его яркость и применить обратно к изображению.

А в логах что?

Проверьте, существуют ли следующие объекты:
atlas, atlas[i], frames, frames[i], frames[i][j]

А если добавить условие?
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f

А simplexml чем плох?

Никак нельзя. Если сделать шрифт крупнее, но не делать крупнее остальные элементы - шрифт будет вылазить на пределы. А если сделать крупнее всё - то некоторые элементы, например, изображения, будут размываться.

Могу предположить, что кто-то повторный раз gzip'ает ответ.

надо прописывать их ns-сервера, так что сразу будет ясно, у кого я использую VPS.

По самому IP-адресу можно легко узнать, какому провайдеру он принадлежит. Так что смена NS-серверов без смены самого IP никакой безопасности не добавит. А если хотите через какой-нибудь cloudflare или другую защиту от DDoS, то у них наверняка есть услуга собственных NS-серверов (у cloudflare точно есть)