SagePtr

8[\s-]?800

Новую ветку создать и пулл реквест уже для неё. По сути пулл реквесты - это запрос на слияние определённой ветки с определённой, любые изменения веток, сделанные в промежутке между созданием пулл реквеста и принятием будут автоматически видны в пулл реквесте.

$body  .= "Content-Type:".$file_type." ";
    $body .= "Content-Type: application/octet-stream; name=\"" . $file_name . "\"" . $eol;

Так и должно быть или один из Content-Type всё же лишний?

PHP так устроен, что юзер запросил выполнение скрипта, PHP быстренько выполнил скрипт, вернул результат и процесс завершил работу, все переменные, объявленные в этом скрипте, умирают вместе с процессом. Ни о каких утечках памяти там беспокоиться не следует.

Кроме очень редких случаев, когда к примеру нужно получить от юзера большой файл и как-то его обработать, загрузив предварительно в память, но там оптимизация на именах переменных будет незначительной, скорее всего просто будете обрабатывать построчно, вызывая для каждой строки функцию (локальные переменные внутри функции все умирают после выхода из функции, а для объектов вызывается деструктор) и не храня в памяти всё содержимое.

А с точки зрения читаемости кода, лучше не пихать всё в один блок, а для каждого шага сделать отдельную функцию с понятными именами. Соответственно, локальные переменные внутри функции будут занимать память только в момент непосредственного исполнения этой функции.

С серверов, которые прописаны в файле /etc/apt/sources.list (это касается тех систем, где в качестве менеджера пакетов используется apt или производные от него, у других - другой файл с конфигурацией)

Очень сильно похоже на бэкдор, особенно учитывая это:
eval($arg[1]($arg[2]));
и тот факт, что первоначально аргументы, отправляемые в функцию, собираются из массивов $_COOKIE, $_POST, которые могут быть отправлены любым пользователем.

Wordpress дырявый, как решето. Конечно, дыры там периодически закрываются, но никто не гарантирует, что прямо сейчас там нет неисправленной критической уязвимости, через которую этих вордпресс-хомячков вовсю сейчас имеют))

Ваша удалённая ветка содержит коммиты, которых нет в локальной ветке. Для начала нужно загрузить изменения из удалённой ветки, а потом отправлять на сервер локальную.
Владислав Яндимиркин выше подсказал, какой именно командой их загрузить и объединить в локальную.

Зачем делать json_decode($res), если вы всё равно ничего не делаете с возвращаемым результатом?

И в первую очередь было бы неплохо разобраться с заданием, которое нужно выполнять каждые 2 секунды, что это за задание такое?

Вам нужно настроить веб-сервер (Apache или nginx, что у вас там) чтобы он подменял remote_addr на тот, который пришёл в заголовке X-Forwarded-For.
Из FAQ Cloudflare: https://support.cloudflare.com/hc/en-us/sections/2...