SagePtr

$db = new db($config);
$pdo->prepare(...)
Определитесь, как ваша переменная называется, $db или $pdo

Как вариант, сравните то, что реальный браузер отсылает на сервер при ручном выполнении действий, и что отсылает на сервер ваша программа.
Затем смотрите, что именно в их поведении отличается.
Если тело запроса такое же и переменные все на месте - то может быть, HTTP-заголовки, а может быть, сервер замеряет время между отправкой формы клиенту и получением данных от него, и отсекает формы, отправленные слишком быстро.

Как вариант - преобразовать оба массива в ассоциативные с product_id в роли ключа, а затем пробежаться по второму массиву и добавить в первый недостающие элементы или отдельные атрибуты, если элементы сами есть. Сложность O(N) + O(M), дополнительный расход памяти N+M

Склонировать его на компьютер в локальную папку и работать как с обычным git-репозиторием

Скорее всего, вы не учитываете регистр файлов, который под Windows не имеет значения, а под другими ОС имеет.
Попробуйте переименовать
/bitrix/modules/main/lib/diag/exceptionhandlerlog.php
в
/bitrix/modules/main/lib/Diag/ExceptionHandlerLog.php
Ну и другие файлы также (если там используется совместимый с PSR-4 автолоадер)

В большинстве случаев поможет
background-size: cover;

Может быть, работаете не с исходной директорией, а с её копией?

Создать временную папку и распаковать туда, а потом эту папку переименовать.
Если в пределах одного диска, то операция перемещения директории поидее атомарна и оказаться в полураспакованном состоянии не сможет (в полураспакованном будет только во временной папке)

Сайт через HTTPS? Если через HTTP, то есть вероятность, что у провайдера где-то воткнут по пути кэширующий прокси, прозрачно перехватывающий запросы

Посмотрите с помощью HEX-редактора, какой там внутри формат, и переименуйте расширение файла

На четвертак) Но 80% (судя по плашке 20%) сдали ещё хуже)))

php.net/manual/ru/function.file-put-contents.php