SagePtr

Попробуйте не через командную строку устанавливать (которая в Windows очень примитивна), а через свойства "моего компьютера" -> Дополнительно -> Переменные среды.
Если и там не получится установить, то отредактируйте значение переменной и выкиньте оттуда всякий мусор от программ, которые были установлены когда-то но теперь не используются, либо не так важны.

json_decode
А отображать - смотря какой у вас там шаблонизатор используется

А директория пустая? В документации это явно указано

При смене пароля запоминать время последней смены пароля для конкретного юзера.
Если юзер попытается сменить пароль раньше, чем через сутки с момента последней смены его пароля - выдавать ошибку, что пароль был сменён менее суток назад и необходимо подождать.
Причём саму форму смены пароля можно при этом даже не выводить (чтобы юзер зря не пытался) а сразу выводить сообщение о невозможности смены пароля, но на стороне сервера всё равно проверять.

Завернуть в try catch ?

Если вы про эту HTML-академию https://htmlacademy.ru/ - то там все бесплатные курсы - для начинающих.

<?php
$file="/путь/к/папке/access_log";
$file2="/путь/к/другой/папке/error_log";
unlink($file);
unlink($file2);
?>

Да, есть очень удобный модуль для этих целей.
Или руками через функцию `request` в модуле http (менее удобно)

Как вариант, упаковать в какой-нибудь 7z с сохранением всех аттрибутов, а на другой машине распаковать

Через ftp все пути будут отображаться относительно корневой папки пользователя, выше корневой папки залезть не получится. В php.ini - путь относительно корня сервера, у пользователей туда нет доступа (разве что на чтение).