Антон Антон, для того чтобы вебсервер понял что такое " .md файлы " ему нужно как-то об этом рассказать. А по дефолту он знает только html. Даже для обработки php нужно его устанавливать (не весть какая сложная задача, но для ТСа оказалась непосильна).
Тогда вообще к чему вопрос? "агентству" и решать на чем его делать.
А вопросы импорта в конкретный двидок - это совершено другой вопрос. Но опять же - "агентство" это может порешать. От вас нужно только деньги и нормальное ТЗ.
Я пожалуй прекращу метать бисер.