Так проще разрабатывать, вот например мы верстаем шаблон, и вся сетка и все ее поведение лежит в отдельном файле - grid.css, он очень редко меняется и поэтому проще его выделить. А например все цветовые решения которые определяют внешний вид и прочее лежит уже в другом файле, например style.css
Так получается что когда ты чаще всего меняешь только цвета и небольшие блоки тебе проще редактировать только style.css и не видеть еще 5000 строк кода который ты редактируешь дай бог раз в месяц.
Кроме того часто подключаются еще готовые фреймворки вроде bootstrap.css или отдельные css для каких либо компонентов - swideshow.css
А по поводу почему разработчики не объединяют - в той де джумле есть встроенный в шаблоны скрипт который объединяет все эти css и js и архивирует.