Дополню предыдущего комментатора:
Например, вы удаляете элемент справочника Номенклатура "Стул дубовый".
Но у вас уже есть документы продажи, в табличной части которых есть ссылка на этот элемент.
Как должна поступить 1с-ка? Показать, в ТЧ вместо "Стул дубовый" <Ссылка не найдена> ? А как быть тогда с отчетами, которые строятся по регистрам?
Т.е. чтобы удалить этот стул вы должны либо удалить ссылку на него из всех документов, либо удалить эти документы вместе со стулом (так делать не надо, надеюсь понимаете).