Решение этой проблемы очень простое - забейте на этого пользователя и создайте ему новую учетку (если это не пользователь AD).
Причин по которым может тормозить у одного, а у остальных все работает при идентичных правах проставленных в конфигураторе, я вижу две:
1) Для пользователя что-то мудреное накрутили в дополнительных настройках и ограничениям доступа (RLS). Или возможно внесли какие-то кривые правки в настройки самих ролей (к примеру, что бы обычные бухгалтера не видели остатки на зарплатных счетах). Вероятность, что проблема в БД не очень велика, так как исходя из моего опыта еще ни разу проблемы не локализировались на единичном пользователе - тормоза чувствовали все.
2) Хитрые настройки в коде конфигурации под особенности этого пользователя. Поясняю - в одной фирме я видел код при старте системы, по которому анализировалось имя вошедшего пользователя и если оно равнялось определенной строке, то дальше запускалась синхронизация с базой SAP. Возможно у вашего пользователя стоит обработчик ожидания, который каждые несколько минут что-то ужасное делает.