Я разобрался, слава макаронному монстру. Оставлю пост для всех тех, у кого много вопросов, но мало ответов:
В чем суть сегодняшнего жса (пишу для жквери динозавров вроде себя, кто слышал о всем новом, не до конца не понимал):
1. Раньше жс был тонной отдельных файлов в глобальном пространстве. Жквери и в след за ней 10 плагинов разной направленности. Это и сейчас так осталось, только теперь вебпак пакует еще большее количество файлов, но написанное на ES с участием require и export. Тот же самый привычный для серверных языков require внутри одного файла импортит другой файл, в котором прописан export. В ноде из коробки это работает, но в данном случае у нас бекенд не нода и это не работает.
2. В чем удобство? Теперь у нас все так же лежит по категориям в папках, как и во всех нормальных языках с неймспейсами, только без неймспейсов. Какая никакая структура
3. Мы пишем модули. Бегущая строка = модуль, подсчет времени = модуль. Все это раскладываем в читабельном виде по структуре папок внутри проекта. Их мы собираем вебпаком. Вот по вебпаку вводная, например:
https://habr.com/post/309306/
4. Собрали вебпаком - внутри него бабель сделает понимаемый браузером, а не нодой, код, подключит все жс модули из папок и отдаст готовый файл. Его мы и подключаем как раньше. Тот же Browserify, тот же concat, только более умный, что ли.
5. Подключаем итоговый файлик как обычно на странице - на этом сборка окончена. Далее уже пошел наш ES5-6 код с реактом или без реакта. Далее ватчеры, less-sass-scss-babel с пресетами и все остальное через вебпак становится юзабельным и уходит уже в папки, откуда сервер отдает готовые и скомпиленные статичные файлы.
В данном случае не получилось подружить Yii с реактом в том смысле, что я хотел это сделать не нарушая иерархию - через vendor/npm-asset, без /node_modules/ в корне данная конструкция не запускается - вебпак не видит их через require. Но node_modules в корне все ок.