1. Стоит ли делать бухгалтерии свой собственный сервер на win сервере ? (у них 3 компьютера, и стоит ли им делать AD) Три пользователя это файловая база как правило. Отдельный сервер как правило не нужен. Хотя удобнее делать те же бэкапы если базы лежат на отдельном сервере.
Сервер это функция а не характеристика. Сервер не обязан быть мощным, беспребойным, надежным, и.т.д хотя для некоторых задач это может потребоваться.
Для трех баз вполне пойдет обычная ОС с расшаренной папкой. Что -то большее - это уже надо смотреть по ситуации.
Иногда есть смысл оставить базы файловыми, но работать через сервер терминалов, иногда есть смысл перевести 1с на клиент-серверный режим работы, поставить сервер 1с и сервер баз данных. Иногда нужен или удобен веб доступ - нужен веб сервер для 1с. В общем режимов работы 1с десятки и выбирается все исходя из задач и возможностей.
В текущей ситуации я бы посоветовал оставить все как есть, только наладить бэкап. А что то менять только тогда, когда возникнет явная необходимость

2. Не могу понять как построить грамотно сеть

А что значит грамотно? Воткнули провода в коммутатор и все работает. Маршрутизатор в локальной сети не нужен. Его ставят только для соединения нескольких сетей. Например соединить две офисных сети, или соединить офисную сеть с глобальной сетью Internet.
В общем непонятно в чем у вас затруднения и проблемы.

3. Стоит ли ставить на всю организацию виндоус сервер и подключать к ним AD

Если вы четко знаете что вам не решить проблем без AD или понимаете что без него вам крайне неудобно будет работать , то конечно стоит. В остальных случаях нет, не стоит.
Мне не совсем понятно для чего там AD, но я и ситуации точно не знаю, поэтому точно сказать не могу, может и нужен.

Общий совет -
Перед тем как что-то делать, устанавиливать софт, ставить сервера, AD, и прочее нужно четко представлять для чего вы это делаете, и какие задачи это вам решит.
Ни в коем случае не стоит ничего ставить по принципу - так надо, так посоветовали, так у всех.