Конечно ФС!
Только тут главное правильно распределить это дело =)
Т.е. не в одну папку сразу скидывать все 400Гб, а например по каким либо критериям (хоть по названию, хоть как).
Упс, пардон за очевидность, не прогрузился пост до конца.
База ведь так же хранит эти файлы на диске, причём sqlite - одним файлом .
В тонкости не вникал, т.к. мал ещё, но мне было проще распределять по файлам, возможно какие-либо оптимизации помогут.
Использовал xfs.
Плюс ещё в том, что можно в несколько потоков спокойно отображение делать.
Но Вы, наверное, это и так знаете, скорее всего ответ для таких как я =)